Най-добре използвай Avidemux 2.4.4. Отваря и двата формата, които си споменал, освен това е безплатна и лека. Лесна е за работа. За слагане на лого ще е необходим филтърът Logo, който се намира в менюто Video -> Filters -> Miscellaneous -> Logo. Дал съм ти линк към последната версия, в която се поддържа филтърът за слагане на лого, защото в по-новите версии е премахнат.
П.П. Да ползваш Premiere или Vegas само за слагане на лого е като да утрепеш комар с базука :lol: . Възможно е, но не си струва усилията :twisted: .